Il a dansé la plupart des grands rôles classiques au sein du Ballet national du Canada et a été la figure masculine dominante de la compagnie. Plusieurs rôles principaux ont été créés pour lui, notamment le rôle de Roméo dans le nouveau Roméo et Juliette d’Alexei Ratmansky, le prince charmant dans Cendrillon de James Kudelka et le rôle de Gene Kelly dans la production de Strictly Gershwin de Derek Deane, pour l’English National Ballet. Il a également travaillé en étroite collaboration avec des icônes de la danse telles que Roland Petit, John Neumeier, William Forsythe, Christopher Wheeldon et Crystal Pite. En tant qu’artiste invité, il a dansé pour de nombreuses grandes compagnies à l'internationale et s’est également produit dans de nombreux galas internationaux. 

En 2012 il lance Anymotion Productions avec son collègue danseur Etienne Lavigne, afin de produire des œuvres et des événements de danse indépendants de haute qualité sur scène et sur film. 

En 2013, en plus de son poste de premier danseur, Côté a assumé le rôle de chorégraphe associé au Ballet national du Canada et aujourd’hui, huit de ses œuvres font partie du répertoire de la compagnie. En 2012, son œuvre Enkeli a remporté le prix du public pour la meilleure chorégraphie au dixième concours international du prix Erik Bruhn. La même année, son œuvre pour ProArteDanza, Fractals : a pattern of chaos, a été nominée pour le prix Dora Mavor Moore de la meilleure chorégraphie. En 2013, son œuvre Being and Nothingness est entrée au répertoire du Ballet national du Canada et, après son succès initial, l’œuvre a été prolongée et présentée en 2015, puis en 2019 lors d’une tournée internationale qui s’est terminée en Russie. 

Le premier ballet de longue durée de Côté, Le Petit Prince, a été présenté au cours de la saison 2016 du Ballet national à guichets fermés. 

En 2017, Côté a été choisi pour participer à une commande historique du Centre national des Arts, Encount3rs, qui associait les talents de trois chorégraphes à ceux de trois compositeurs canadiens. Son œuvre Dark Angels sur la musique de Kevin Lau, interprétée par l’Orchestre du Centre national des Arts, fut ainsi présentée sur l’une des plus prestigieuses scènes du pays. 

En 2018, il a créé Frame by Frame, en collaboration avec le célèbre metteur en scène Robert Lepage. Inspirée par la vie et l’œuvre du cinéaste Norman McLaren, Frame by Frame reçut un accueil triomphal au Four Seasons Centre de Toronto. 

Créée en 2019 de manière indépendante, son œuvre multimédia Crypto fit l’objet d’une tournée nationale de 20 représentations. 

En 2014, Côté a été nommé directeur artistique du Festival des Arts de Saint-Sauveur, le plus grand festival estival de danse au pays. 

En 2021, Guillaume Côté a fondé sa propre compagnie, Côté Danse, axée sur la création multidisciplinaire d’œuvres novatrices avec pour mission de faire voir et vivre la danse autrement. À l’été 2021, il crée X (Dix), présenté au Festival des arts de Saint-Sauveur puis au Fall for Dance North à Toronto. Toujours en 2021, il crée Touch avec Thomas Payette, une œuvre multidisciplinaire immersive qui a été présentée 83 fois à guichets fermés à Toronto. 

De nombreux prix et reconnaissances jalonnent le parcours de Guillaume Côté, dont la médaille de l’Assemblée nationale du Québec pour son travail dans le domaine des arts, en 2011. En 2021, il a été nommé Chevalier de l’Ordre national du Québec, la plus haute distinction décernée par le gouvernement du Québec.