Plusieurs rôles principaux ont été créés spécialement pour lui, dont Roméo dans Roméo et Juliette d’Alexei Ratmansky, le Prince dans Cendrillon de James Kudelka et Gene Kelly dans la production Strictly Gershwin de Derek Deane. Il a aussi travaillé personnellement avec plusieurs grandes figures de la danse, parmi lesquelles Roland Petit, John Neumeier, William Forsythe, Christopher Wheeldon et Crystal Pite.
En tant qu’artiste invité, Côté a dansé pour le Théâtre Bolchoï, le Royal Ballet, l’American Ballet Theatre, le New York City Ballet, le Teatro alla Scala, l’English National Ballet, le Théâtre Mikhailovsky de Saint-Pétersbourg, le Teatro Colón de Buenos Aires, le Staatsoper de Berlin, New York City Ballet, le Maggio Musicale Fiorentino, le Stuttgart Ballet, le Hamburg Ballet, l’Alberta Ballet, le Verona Opera et le South African Ballet Theatre. Il s’est également produit dans de nombreux galas internationaux.
En 2012, il fonde Anymotion Productions avec son collègue, le danseur Etienne Lavigne, afin de produire des œuvres et des événements de danse indépendants de grande qualité sur scène et sur film. En 2013, Guillaume Côté est nommé chorégraphe associé du Ballet national du Canada et huit de ses pièces font maintenant partie du répertoire de la compagnie. En 2012, sa pièce Enkeli remporte le Prix du public à la 10ᵉ Erik Bruhn Competition. La même année, Fractals : A Pattern of Chaos, créée pour la compagnie torontoise Pro Arte Danza, est en nomination pour le prix Dora Mavor Moore de la meilleure chorégraphie. En 2013, Being and Nothingness entre au répertoire du Ballet national du Canada et après son premier succès, la pièce est allongée et présentée en 2015 ainsi qu’en 2019 pour une tournée internationale qui se termine en Russie. Le premier ballet intégral de Guillaume Côté, d’après Le petit prince de Saint-Exupéry, a lieu au Ballet national du Canada en 2016 à guichets fermés. En 2017, il crée une nouvelle pièce pour Rencontr3s au Centre national des Arts à Ottawa, qui associait trois grands chorégraphes canadiens à trois des compositeurs parmi les plus fascinants du pays, dont la musique était interprétée par l’Orchestre du CNA. En juin 2018, M. Côté crée, en collaboration avec le metteur en scène Robert Lepage, la pièce intégrale Frame By Frame, inspirée de la vie et de l’œuvre du cinéaste Norman McLaren, qui reçoit un accueil triomphal au Four Seasons Centre à Toronto. En 2019, il crée Crypto, une œuvre intégrale indépendante qui sera présentée dans une tournée pancanadienne de plus de 20 spectacles.
En 2021, Guillaume Côté fonde sa propre compagnie, Côté Danse, axée sur la création multidisciplinaire d’œuvres novatrices. Il crée dès l’été 2021, +(dix), présentée au Festival des Arts de Saint-Sauveur et par la suite au Fall for Dance North à Toronto. Toujours en 2021, il crée Touch avec Thomas Payette de Mirari, une œuvre multidisciplinaire immersive présentée 83 fois à Toronto devant des salles combles.
En 2011, M. Côté reçoit la médaille de l’Assemblée nationale pour sa contribution dans les arts. Il est directeur artistique du Festival des Arts de Saint-Sauveur depuis septembre 2014.
En 2021, il est nommé Chevalier de l’Ordre national du Québec, la plus haute distinction décernée par le gouvernement du Québec